La Chiesa era nata per servire gli abitanti della marina che alla sera non potevano accedere alla parrocchiale interna al forte. Nel 1752 essa ottenne, su richiesta del parroco della chiesa di San Giacomo Maggiore, un cappellano per concessione del Re e dell'Arcivescovo di Napoli che contribuirono ad arricchire l'antica chiesa costruita dai pescatori.
All'interno si trova un quadro, del 1777, della Madonna in ginocchio di fronte al crocifisso, di Francesco Basile, dal vicino oratorio del Sacro Cuore di Maria; inoltre un Cristo crocifisso con le braccia snodate. 
Adiacente alla Chiesa della Madonna del Carmine, nel XVIII secolo fu portato a termine un piccolo oratorio (dedicato al Sacro Cuore di Maria) che originariamente era dotato di un porticato. All'interno presenta due opere: un quadro con la Madonna in ginocchio di fronte al Crocifisso, mentre sull'altare è raffigurato il cuore rosso in campo nero.