Accanto alla Chiesa vi è un piccolo Convento che un tempo era abitato dai Carmelitani Scalzi, successivamente lo stesso passò ai PP. Dottrinari, che lo tennero fino alla loro soppressione del 1809.
Nel 1840 l’occuparono i PP. Conventuali, che restarono fino alla soppressione definitiva avvenuta nel 1867.
La vicinanza ai Tratturi, ed in particolare al Lucera-Castel di Sangro, favorì lo sviluppo e la crescita del primitivo insediamento di San Giovanni in Galdo, ma consentì soprattutto in epoca italica, la realizzazione di un tempietto di cui sono evidenti le tracce. Il centro storico è caratterizzato da un'organizzazione ad avvolgimento, mentre la parte più recente sviluppata lungo la linea di cresta.
I numerosi terremoti succedutisi nelle varie epoche, e soprattutto quello del 1456, hanno portato a profonde alterazioni e modificazioni degli antichi assetti architettonici ed edilizi. Della antica fortificazione è possibile rintracciare pezzi di mura, grotte ipogee, e tracce di antiche porte, la Porta Centrale, la Porta Occasum e la Porta Alba.
La presenza di un forra nella zona a Nord, costituiva un baluardo naturale e quindi un elemento di sicurezza. Questa antica e primitiva parte del centro antico è denominata Morrutto, derivazione del toponimo muro rotto.
San Giovanni in Galdo fu concessa in feudo alla badia di S.Sofia di Benevento fino al 1785 quando fu incamerata dal Demanio. Appartenuta ai Conti di Molise fu ceduta ai Gambatesa o Monforte e dal 1785 la giurisdizione venne esercitata da un Governatore Regio. Nel 1794 con R. Carta, Ferdinando IV di Borbone, concesse la piena amministrazione dei beni di S. Sofia al Cardinale Fabrizio Ruffo.
Il complesso edilizio è costituito dal Convento, in pianta articolato, e dalla Chiesa ad una sola nave. La muratura portante è in pietra ed è intonacata e copertura a falde. La facciata è inserita nel prospetto monastico a spioventi con timpano rialzato. Il portale a trabeazione rettilinea con lunetta è sormontato da finestra centinata e da due campane in vani separate.
Sopra l'altare maggiore vi è la pala della Madonna del Carmine incorniciata da volute in stucco dipinto in grigio con terminazione accartocciata su cui poggiano putti con simboli araldici. Lo stemma di Vincenzo Maria Orsini sorretto da putti e sormontato dal cappello cardinalizio e cinque ordini di fiocchi in rosso costituisce la cimasa. Stucchi analoghi, privi di stemma e putti laterali, sono sugli altari laterali.
All’interno una epigrafe relativa alla consacrazione della chiesa e degli altari avvenuta nel 1707 ad opera del Cardinale Francesco Maria Orsini, arcivescovo di Benevento alla cui diocesi apparteneva il paese, ed altre lapide documentarie incise.
Su una di queste è riportato il testo: "D.O.M./ NICOLAUS DEL VECCHIO/ JC. PIUS. PRUDENS. INGENIOSUS/ ARTICULARIO. MORBO/ CONFESTUS/ LUCIS. USURAM. AMISIT/ AETATE. ANNOR. LII. DIE XV. JUNII/ A.P.S. MDCCCXXXVII./ AMICUS INTER. LACRIMAS/ H.M.P./ XAVERIUS MASTRODOMENICO7/SCULPSIT". Realizzata da Mastrodomenico Saverio e si riferisce a Nicola del Vecchio, deceduto nel 1837.
Su un'altra lapide, murata nella parete con semplice cornice di intonaco, è riportato il testo seguente: "ECCLESIAM HANC CUM IPSIUS PRINCIPE ARA IN HONOREM/ DEI B.V.M. DE MONTE CARMELO, ET SS. IO, BAPTISTAE, AC/ IO. EVENGELISTAE. SOLEMNI RITU DEDICANS DIE XIX./ IUNIJ MDCCVII. SACRAVIT FR. VINCENTIUS MARIA ORD./ PRAED. EPISCOPUS TUSCULANUS S.R.E. CARD. URSINUS/ ARCHIEPISCOPUS, QUI SIMUL, ET EODEM TEMPORE DUO/ HAEC MINORA ALTARIA, ALTERUM SCILICENT IN HOMNOREM/ S. SEBASTIANI MART., ET ALTERUM SS. IOSEPH, STEPHANI,/ PROTOMART., AC ALBERTI CONF. SACRIS ETIAM MISTERIIS/ INITIAVIT. OMNIBUS VERO FIDELIBUS ECCLESIAM IPSAM/ ET ALTARIA DOMINICA POST OCTAVAM DEDICATIONIS/ ECCLESIAE ARCHIPRESBYTERALIS HUIUSMODI CONSECRATIONIS/ DIEM TRANSTULIT, ET IN SINGULIS/ B. V. M., AC PRAEDICTORUM SS. FESTIS,/ VISITANTIBUS, CENTUM/ INDULGENTIA DIES/ PERPETUO CONCESSIT". L'epigrafe è relativa alla consacrazione della chiesa e dei tre altari, avvenuta nel 1707 ad opera del cardinal Francesco Maria Orsini, arcivescovo di Benevento alla cui diocesi apparteneva il paese. E' probabile che a tale data la Chiesa, seppure preesistente, sia stata completamente ristrutturata. Nel testo si legge anche la concessione di indulgenze, che era in facoltà degli arcivescovi concedere per la consacrazione di una chiesa.
Su un'altra lapide ubicata sulla porta del Convento vi è riportato il testo: "DEUS DIVINII UNIVERSA BONA. UNICUIS IM/ MERITA VELARTITUDINE EIUS 1547".
Nella parte bassa dello stipite sinistro della porta del Convento c'è una lapide con il seguente testo: "+ SEBASTIANUS IACOBONUS. MEDICUS CHIRUR/ GUS PERITISSIMUS. AEDEM HANC IN PATERNO/ RURE SACRAE VIRGINI DICAVIT. ET EX SUO A/ FUNDAMENTIS EREXIT". L'iscrizione, reimpiegata nella cornice della porta insieme ad altre, commemora la costruzione di un edificio sacro dedicato alla Vergine. La mancanza della data e di caratteristiche epigrafiche particolari, nonché l'inesistenza di dati documentari sul committente non consentono di proporre una datazione, per quanto si possa ipotizzare il riferirsi del testo alla costruzione della cappella del convento, dedicata alla Vergine, probabilmente eretta tra la fine del XVII e l'inizio del XVIII secolo.
Questa epigrafe è murata nello stipite destro della porta del Convento, con il testo: "+ VIRGO PARENS CHRISTI. PER CHRISTUM QUEM/ GENUISTI VOTA TUE LAUDIS SOIVENTES/ QUESUMUS AUDI 1558". Anche questa è stata reimpiegata a costituire la cornice della porta di un vano del convento. Il testo, un'invocazione alla Vergine, potrebbe far supporre l'esistenza di un edificio di culto dedicato alla Madonna in questo luogo già alla metà del sec. XVI.
Sempre all'interno della Chiesa è conservato un organo della prima metà del sec. XIX, di bottega italiana con una tastiera di 45 tasti. I tasti bianche sono di bosso con lunette frontali, i tasti neri sono di ebano. Non ha pedaliera. Sul portale d'ingresso, in una tribuna di legno è conservata la Cassa d'organo.
