Secondo il notissimo storico anconetano Vincenzo Pirani, aveva già le funzioni di una parrocchia e "amministrava il territorio compreso nel recinto delle mura dell'acropoli (che formavano la cosiddetta Rocca e la fortezza, che già nel VI secolo includeva un'altra chiesa, quella di San Lorenzo, nei secoli sviluppatasi in San Ciriaco, ndr.) sulla sommità del Monte Marano, oggi Guasco. Si trovava in prossimità di uno dei torrioni che scandivano la città, poi divenuto il campanile della Cattedrale" ("Le chiese di Ancona, di V. Pirani, edito da Arcidiocesi Ancona-Osimo, 1998).
Le funzioni parrocchiali sono certificate da un documento-testamentale del 1314, che include Santa Maria in Curte tra le chiese medievali soggette alla decima.
La parrocchia viene soppressa attorno al 1490, tant'è che subito dopo quell'anno il Comune concede all'Ordine monastico dei Carmelitani Calzati, consentendo loro di erigerle accanto un convento "con l'obbligo di concedere al Magistrato (cittadino, ndr.) annualmente cinque piccioni"(Pirani, opera già citata).
Un cambiamento funzionale che muta il titolo della chiesa in Santa Maria del Carmine. Chiesa che doveva trovarsi in condizioni precarie, visto che nel 1493 il Senato eroga ai Carmelitani venti ducati d'oro per il rifacimento del tetto e per contribuire ai generali lavori di riadattamento della chiesa. Quanto al convento viene eretto definitivamente nel 1560, probabilmente riadattando i vecchi edifici vicino alla chiesa.
Nel 1588 la chiesa viene demolita o comunque fortemente riadattata, e rimane di rilievo comunale, tanto che il Comune si accorda coi frati affinché celebrino ogni anno una messa cantata per propiziare l'assistenza divina sulla città.
Dal 1760-1761 la chiesa subisce un corposo intervento di ristrutturazione negli interni, ad opera dell'architetto Francecso Maria Ciarrafoni, viene reinaugurata il 5 maggio 1766, restando immutata la facciata cinquecentesca, rivolta verso il campanile della Cattedrale.
Nel 1799 il padre maestro minore conventuale Michele Buglioni scrive che "la situazione di detto convento (quello annesso alla chiesa, ndr.) è la più amena di tutte le altre della città di Ancona e che la sua cucina ospita i resti di antiche colonne", a riprova che il convento si è via via sviluppato sui resti di strutture più antiche.
Ma proprio nel 1779 termina il periodo felice del complesso ecclesistico, a causa dell'occupazione francecse di Ancona, che determina l'espulsione della comunità religiosa dalla sua sede. Il convento viene trasformato in prigione poi, nella prima fase della Restaurazione, decisa al Congresso di Vienna, che restituisce Ancona al Governo pontificio, viene utilizzato come ospedale per gli ebrei.
"Rientrati nel 1822 i Carmelitani", scrive Michele Polverari nel saggio "Ancona Pontificia" (1984, edito dalla Pinacoteca Comunale), "ne vennero definitivamente espulsi dopo l'Unità d'Italia, quando (1861, ndr.) il convento fu trasformato in caserma della Finanza".
I bombardamenti anglo-americani dell'autunno del 1943 distruggono per il 70% tutto il centro storico di Ancona e non risparmiano il complesso di Santa Maria del Carmine, che tuttavia resta danneggiato ma sostanzialmente in piedi. Quasi intatta la chiesa, ancora affacciata sul campanile di San Ciriaco; danneggiato in parte il comparto conventuale, che si allungava lungo lo Scalone Nappi. Ma ciò che aveva risparmiato la guerra, come avvenuto per tanti edifici di pregio, sacri, e laici, in tutta l'area dei rioni Porto, Guasco-San Pietro e Capodimonte, non lo fu dalla affrettata e per lo più dissennata opera di demolizione e ricostruzione post-bellica.
La chiesa e il convento di Santa Maria del Carmine vennero completamente rasi al suolo dalle ruspe (tranne un tratto di mura conventuali a lato dello Scalone Nappi e alcune opere architettoniche e arcatelle di sostegno nella parte più verso mare del sito). Ciò anche e soprattutto per realizzare l'ultimo tratto della nuova via Giovanni XXIII e l'area verde.
