Il corpo della chiesa fu completato nel 1663 e la sua consacrazione avvenne nel settembre dello stesso anno. La facciata, su disegno dell'architetto romano Carlo Rainaldi, rispecchia lo stile in voga in quei decenni, ovvero il neoclassico; nel 1704 sempre il Giosafatti aggiunse alla chiesa il portale e la doppia scalinata.
L'interno, ad unica navata con volta, è ricco di decorazioni a stucco nelle colonnine, negli archi e nel cornicione, che inquadrano i nicchioni entro cui sono posti gli altari e i dipinti sulla calotta dell'abside, che rappresentano il "Paradiso, il Purgatorio, e l'Inferno", oltre alla "Vergine che consegna lo scapolare a San Simone Stoch", ed "Elia che trascende al cielo su un carro di fuoco".
Sugli ovali presso la trabeazione della navata vi sono le figure dei Santi Pontefici, opere di pregio dell'artista fiammingo Francesco De Lignis, datati 1693.
Nel primo altare della navata vi è una tela del "Miracolo di Sant'Alberto" di Nicola Monti (1736-1795), sulla lunetta di una cornice vi è la rappresentazione di Sant'Emidio. Ma il vero gioiello, riportato alla luce, è la pala dello stesso Monti raffigurante San Giovanni della Croce.
Nel secondo altare in legno riccamente lavorato vi sono custoditi il "Battesimo di Cristo" di Francesco Giovani del XVII secolo, allievo del Mola. Nell'altare maggiore, situato nella tribuna, ricco di plastiche, sempre in legno scolpito e lavorato, è presente al centro una "Madonna col Bambino", copia seicentesca dell'effige di Santa Maria di Montesanto di Roma.
Tra gli altari laterali è da ammirare un notevole lavoro in travertino di Silvio Giosafatti (1656-1658), mentre Giuseppe Giosafatti, figlio di Silvio, (1643-1731), realizza un altro altare in travertino con putti in stucco ai piedi della Croce e la statua giacente nel timpano. Nella nicchia vi è custodito un crocifisso ligneo di arte romana del XVII secolo.
Sono presenti altri altari settecenteschi: uno realizzato da Giuseppe Gualdieri e decorato da Antonio Carpignani con una tela rappresentante il "Transito di San Giuseppe", mentre nel sesto ed ultimo altare vi è una pala de "L'Estasi di Santa Maria Maddalena dè Pazzi", opera di Carlo Francesco Angeli, secolo XVII, su disegno di Guglielmo Courtois.
Sulla parete esterna della Chiesa vi è uno splendido orologio astronomico realizzato nel 1652 dal Frate Francesco Borgondi di Roma e di recente restaurazione. E' un esemplare unico nelle Marche che dà informazioni sull'ora, sul giorno, sulle lune e sullo zodiaco.
