Fu gravemente danneggiata dai francesi, che nel febbraio 1799, la incendiarono durante l’attacco alla città; la distrussero, deturparono le stanze con le accette e bruciarono la ricca biblioteca, costituita da testi stampati e da manoscritti.
Nel 1809, con la soppressione dei monasteri, il convento fu adibito a cascina e poi caserma di alloggio delle truppe, mentre nel 1866 fu trasformato in piccolo ospedale. La Congrega della Carità prese in gestione l'ex convento facendolo diventare ricovero dei viandanti, e furono avanzati dei progetti affinché divenisse l'ospedale civile della città, ma senza successo. Andato in rovina il convento, rimase solo la Chiesa, che però fu interessata dalle distruzioni del 1943, e nuovamente ricostruita.
Oggi, la Chiesa, ha un aspetto molto semplice, ed ha accanto un edificio quadrangolare sede della Caserma dei Carabinieri; ha pianta rettangolare con facciata a capanna scandita da un ordine di semplici finestre centrali molto strette, e da un portale centrale. L'interno è a navata unica, in stile post-classico, e conserva la statua della SS. Vergine del Carmine.
Nella mappa di Ortona del 1685 sono disegnati il convento e la Chiesa del Carmine con il campanile, più la porta del Carmine che conduceva al torrente Peticcio. Come risulta dall'Onciario, precursore degli odierni Catasti, del 1751, il monastero amministrava una larga proprietà terriera ricevuta in dono, che ridistribuiva ai bisognosi con contratti di enfiteusi.
Dal 1867 al 1872, la Congrega di Carità, costituita dal direttore e da quattro consiglieri in carica per quattro anni, non rinnovabili, resse l’ospedale civile, finalizzato all'accoglienza dei poveri bisognosi, colpiti da varie malattie, escluse quelle contagiose. Si manteneva con il finanziamento pubblico e vari affitti provenienti da immobili di proprietà della Congrega.
Nel 1870, Giovanni Cadolini, nato a Cremona nel 1830 e morto a Roma nel 1917, eletto deputato al Parlamento italiano nel collegio di Ortona, chiese al Ministero dell’Interno il riconoscimento di “Corpo Morale” per l'ospedale di Ortona, senza ottenere nulla, perché i ricoveri erano pochi e si erano verificati 20 decessi in due anni.
La Congrega fu costretta a chiudere l’ospedale, ma la chiesa restò aperta al culto. Dal 1909 la chiesa fu affidata ad un cappellano nominato dal Comune e in seguito ad un sacerdote diocesano. Oggi appartiene alla parrocchia di San Tommaso.
