In seguito alla fondazione della Confraternita della Madonna del Carmine, avvenuta il 6 novembre 1610, la Chiesa mutò la denominazione iniziale in quella di "Madonna del Carmine". All'interno dell'edificio vi fu realizzato più tardi anche un altro altare laterale dedicato alla Medesima Madonna del Carmine.
Nel 1816, la Chiesa fu preda di un misterioso incendio che la distrusse completamente, ma la devozione del popolo di Scheggia verso quella Madonna si manteneva vivissima, tanto che per appagare i desideri dei devoti Le fu dedicata ed intitolata (29 ottobre 1871) la cappella del cimitero.
In alcune memorie storiche, che si conservano nell'archivio pastorale di Scheggia, si fa menzione di eventi straordinari avvenuti nella Chiesa del Carmine, prima dell'incendio, come quello verificatosi il 16.7.1796, quando l'immagine in pittura della Madonna "si degnòdi aprire gli occhi ad una semplice ed innocente pastorella di 24 anni". A lei la Madonna comandò di avvertire il Pastore di inculcare nei fedeli "la riverenza e il rispetto alle Chiese, la santificazione delle feste ed il miglioramento dei costumi, poiché il suo Divin Figliolo era molto sdegnato con il popolo e teneva pronti gravi flagelli se non si desisteva dall'offenderlo". Lo strepitoso prodigio si riverificò nella stessa Chiesa del Carmine anche nella successiva festa dell'Assunta e fu visto da tutto il popolo che vi era raccolto.
Questi avvenimenti furono oggetto di una inchiesta ufficiale da parte di S.E. Mons. Angelelli, il quale ne autorizzò la pubblicazione in una relazione apposita datata 21.8.1796 e stampata a Foligno nella tipografia Feliciani e Campitelli.
Ancor oggi è rimasta la devozione per la Madonna del Carmine tanto che si festeggia anche nella frazione di Monte Fiume, la seconda domenica di agosto.